Von 1971 bis 1991 wirkte Werner Karsten als Professor für die „Methodik des Physikunterrichtes“, nachdem er 1967 an der Pädagogischen Fakultät der Universität Rostock habilitiert worden war. An der Sektion Physik, die nach der III. Hochschulreform 1968 neu strukturiert wurde, übernahm er den Wissenschaftsbereich V "Methodik und Didaktik der Physik", der für die Ausbildung der Physiklehrkräfte verantwortlich war. Zu seinen engsten Mitarbeitern gehörten Hans Erich Riedel, Hilmar Sens, Helga Knopf und Heike Marchand. Neben der Vorbereitung der Studierenden auf die Lehrtätigkeit an den Schulen wurden mehrere Schullehrbücher für den Physikunterricht erarbeitet, Praktika und Wettbewerbe organisiert. Professor Werner Karsten setzte sich für einen engen Kontakt zu den Schulen in Rostock und Umgebung ein.
Wir haben Professor Werner Karsten als einen angenehmen und bescheidenen Kollegen in Erinnerung. Er war sich immer seiner wichtigen Aufgabe bei der Heranbildung junger Lehrerinnen und Lehrer bewusst und hat diese mit hohem Engagement, aber ohne großen Aufhebens, erfüllt. Er konnte auf ein langes Leben mit viel Freud und Leid zurückblicken. Seinen Angehörigen möchten wir unser Mitgefühl zum Verlust von Werner Karsten ausdrücken, der auch für die Physik in Rostock ein wertvoller Kollege war.